據衛生部提供的材料顯示，在2009年1月份的傳染病疫情報告中，形成突發公共衛生事件的主要以水痘（18起）、人感染高致病性禽流感（7起）和流行性腮腺炎（3起）為主，三病種共報告28起，報告病例524人，分別占傳染病事件總數和病例總數的84.85%和80.99%。另據統計，2009年1月1日至31日，全國31個（除西藏）省份共報告手足口病7821例，其中重癥病例3例，死亡1人。全國手足口病疫情以散發為主，未接到手足口病突發公共衛生事件報告。
專家分析認為，冬春季是我國人感染高致病性禽流感高發季節，預計人感染高致病性禽流感疫情在我國散發出現的可能性還會繼續存在；隨著春季學校陸續開學，水痘、流行性腮腺炎、流感及流感樣病例、麻疹等呼吸道傳染病仍處于高發季節；根據手足口病發病特點，估計2月份之后全國報告發病數仍將繼續上升。
衛生部要求，各地要充分認識做好春季傳染病防控工作的重要性和緊迫性，地方各級衛生行政部門要按照各部門間已建立的聯防聯控工作機制，周密部署、明確責任，落實各項措施，加強督導與檢查。要切實加強傳染病疫情監測與報告工作。各級衛生行政部門要加強對醫療機構疫情報告質量的監督檢查，各級疾病預防控制機構要堅持每日審核和分析醫療機構疫情報告情況，主動加強預警預測工作。
各地應繼續加強人感染高致病性禽流感疫情和不明原因肺炎的監測、報告工作，做好病例救治，降低病死率，并加強各項疫情防控措施。應加強中小學校及幼托機構水痘、流行性腮腺炎、麻疹及流感等呼吸道傳染病及手足口病的監測和防控工作。同時，應加強春季傳染病的大眾健康教育活動，引導公眾進行主動防范和自我保護。大力開展愛國衛生運動，進一步加大環境衛生整治力度。
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