三、實驗室檢測操作流程
(一)病毒分離。
1.試劑配置
(1)細胞的生長液、維持液的配制見下表:
|
生長液(GM)
|
維持液(MM)
|
Eagle`s液(MEM)
|
86.5ml
|
92.5ml
|
3%L-谷氨酰胺200mM
|
1.0ml
|
1.0ml
|
胎牛血清
|
10.0ml
|
2.0ml
|
7.5%NaHCO3溶液
|
2.5ml
|
3.5ml
|
青、鏈霉素
(各10000U/ml)
|
1.0ml
|
1.0ml
|
(2)糞便標本和肛拭子的處理液
完全PBS液中加入P.S溶液,終濃度為青霉素100單位/ml,鏈霉素為100μg/ ml。
完全PBS液的配置:取以下1份B液和1份C液加到8份A液中即為完全PBS工作液。
A液:
試劑品名
|
加入量
|
NACL
|
8.00g
|
KCL
|
0.20g
|
Na2HPO4(無水)
|
0.91g
|
KH2PO4
|
0.12g
|
用600~800ml蒸餾水溶解以上鹽類,加蒸餾水補至1000ml,10psi(70Kpa)15分鐘高壓滅菌,即為不完全PBS工作液(不含鈣、鎂離子)。
B液:
試劑品名
|
加入量
|
MgCl2.6H2O
|
0.10g
|
溶解于100ml蒸餾水中,10psi(70Kpa)15分鐘高壓滅菌。
C液:
溶解于100ml蒸餾水中,10psi(70Kpa)15分鐘高壓滅菌。
2.病毒分離細胞系
許多細胞系可支持人腸道病毒(如EV71、CVA16)生長。
對于檢測手足口病的病原來說,建議所有懷疑含EV71、CVA16等腸道病毒感染的標本均需接種到以下兩種細胞系:
Ø RD細胞,來源于人橫紋肌肉瘤細胞。
Ø HEp-2細胞,來源于人喉癌上皮細胞。
3.標本的處理
(1)糞便標本和肛拭子的處理
操作步驟:
1)在離心管上標記標本號;
2)每管中加入10ml PBS、1g玻璃珠、1ml氯仿;
3)在生物安全柜中將每一份糞便標本取大約2g加入標記好的離心管中(確保離心管上的標號與原始標本的標號一致);肛拭子為2ml;
4)剩余的原始標本最好留在原容器中,凍存于-20℃;
5)確保擰緊離心管,用機械震蕩器劇烈震蕩20min;
6)在確保離心機的蓋子蓋好和離心桶密封的情況下,用冷凍離心機在1500g條件下離心20min;
7)在生物安全柜中將每1份標本的上清液分別吸入2個有外螺旋蓋的凍存管中(如果上清液不清澈,應再用氯仿處理1次);
8) 1管糞便懸液凍存于-20℃作為備份,另1管存于4-8℃以備接種。
(2)皰疹液標本的處理
皰疹液標本通常直接用于RNA提取或病毒分離。
(3)腦脊液標本的處理
腦脊液標本通常直接用于病毒分離。
(4)咽拭子標本的處理
咽拭子要在標本運輸(保存)液中充分攪動(至少40下),以洗下拭子上粘附的病毒及含有病毒的細胞等,用于病毒分離時,需要凍融一次(防止多次凍融),使細胞破裂,釋放病毒顆粒。然后在4℃條件下,10000 rpm離心20min,用上清接種到細胞上或直接提取RNA。如果發(fā)現(xiàn)有細菌污染,須用濾器過濾除菌。
4.接種和觀察(病毒分離)
(1)通常使用8ml的斜面試管培養(yǎng)細胞,傳細胞時,每管加細胞培養(yǎng)液1.5ml。顯微鏡下觀察單層細胞,以確保細胞是健康、無污染的。一個健康的單層細胞會在傳代后48小時左右形成;
(2)倒掉生長液(GM),換上1-1.2ml的維持液(MM);
(3)每一份標本需要同時接種2支RD細胞和2支HEp-2細胞,正確標記每支細胞培養(yǎng)管(包括標本的編號、日期、傳代數(shù));
(4)每一種細胞至少標記一管作為陰性對照;
(5)每支試管接種0.2ml的標本懸液,培養(yǎng)溫度要求36℃。
(或者使用吸附的方法接種病毒:接種標本前,倒掉生長液(GM),每支試管接種0.2ml的標本懸液,培養(yǎng)溫度為36℃;吸附1小時后,換上1.5ml的維持液(MM)。同樣每份標本需同時接種2支RD細胞和2支HEp-2細胞。
(6)使用倒置顯微鏡每天觀察細胞培養(yǎng)管,以觀察有特征性的腸道病毒致細胞病變效應(CPE)的出現(xiàn)(如細胞變圓,折光增強并脫離管壁等);
(7)記錄接種管和對照管細胞所發(fā)生的變化至少一周,記錄CPE(1+—4+)、提示細胞受毒性反應、老化或污染的影響而發(fā)生的變化(1+,<25%; 2+, 25%-50%; 3+, 50%-75%; 4+, 75%-100%);
(8)如果有特征性的腸道病毒CPE出現(xiàn),要如實記錄,并觀察直到75%的細胞發(fā)生變化(3+ CPE),然后儲藏在-20℃以備二次傳代;
(9)第一代培養(yǎng)見可疑細胞病變時應繼續(xù)傳代,待細胞病變穩(wěn)定出現(xiàn)后-20℃或-70℃凍存;
(10)一代陽性分離物再傳二代,如果又有明顯的CPE出現(xiàn),將病毒保存在-20℃冰箱(二代病毒)。因二代病毒滴度高于一代病毒,所以選用二代病毒進行鑒定;
(11)如果7d之后沒有CPE出現(xiàn),那么盲傳1代繼續(xù)觀察7d。(注意:同一病例標本的細胞培養(yǎng)物不能混在一起再傳代,例如:不同細胞的培養(yǎng)物應單獨傳代);
(12)盲傳兩代后,仍然沒有出現(xiàn)CPE的,則判定為陰性;
(13)注意:如果接種后24h內出現(xiàn)CPE,很可能是標本中的非特異性成分導致的毒性反應。取100μl陽性分離物傳二代,繼續(xù)觀察;或者在接種標本吸咐1h后用維持液清洗細胞層,可能會降低毒性反應;
(14)幾個概念:
A:毒性反應:如果在接種后1-2d內細胞快速凋亡,這可能是由于標本中含有毒性物質而導致的非特異性毒性反應。這些已接種標本的試管應在-20℃凍存,融化后取0.2ml接種到同一類型細胞中(此時是第二代)。如果又出現(xiàn)了毒性反應,那么應該取原始標本用PBS稀釋10倍,再次接種到同種細胞中。這時應被認為是第一代。
B:微生物污染:由于細菌污染而造成培養(yǎng)液混濁或細胞死亡經常使病毒造成的CPE無法確定或根本無法出現(xiàn)。重新取原始標本,用氯仿或抗生素處理,按上述步驟重新接種到新鮮細胞上。
C:盲傳:有時一周之后傳代細胞會老化,甚至細胞對照也出現(xiàn)了病變。這時已接種標本的試管應在-20℃凍存,融化后取0.2ml接種到同一類型的新鮮單層細胞中,再觀察7-10d。如果盲傳兩代后仍然沒有產生CPE,那么認為這個標本是陰性的。
5.病毒分離結果解釋
RD細胞支持HFMD的主要病原體——CVA16和EV71等多種腸道病毒的復制,CVA16和EV71均能在RD細胞培養(yǎng)中引起特殊的腸道病毒致細胞病變效應(CPE),表現(xiàn)為細胞圓縮、分散、胞漿內顆粒增加,最后細胞自管壁脫落。但相同滴度的CVA16和EV71在RD細胞中生長的速度不同,EV71的生長速度要快于CVA16,表現(xiàn)為EV71感染RD細胞后出現(xiàn)CPE的時間比CVA16早,EV71接種細胞后出現(xiàn)CPE很快,但CVA16一般要經過2次以上傳代才出現(xiàn)明顯的CPE。
若在使用RD細胞分離的同時再增加HEp-2細胞,可提高腸道病毒的分離率(分離出其他可能致HFMD的病原體,如一些柯薩奇B組病毒)。但CVA16和EV71在HEp-2細胞中均不繁殖。
(二)測定人雙份血清標本的中和抗體滴度。
比較患者急性期血清與恢復期血清中和抗體滴度,可作為腸道病毒感染的血清學診斷方法,最常用的是中和實驗,即用微量板法測定抗體滴度,是目前人腸道病毒抗體檢測的最常用方法,該方法精確且具有型特異性。
作為腸道病毒感染的診斷方法之一,可以測定血清中腸道病毒中和抗體的滴度,通常用急性期血清與恢復期血清滴度進行比較,抗體滴度4倍或4倍以上增高證明病毒感染。但是,腸道病毒隱性感染也很常見,所以在評估檢測結果時就要小心一些。在中和實驗中,一般要用人腸道病毒參考毒株(即原型株,EV71原型株為BrCr株,CVA16原型株為G-10株)或流行株,有時同時(或單獨)使用臨床分離株會有助于得到更準確的檢測結果。
使用對腸道病毒敏感的細胞,如RD細胞。用病毒(血清)稀釋液(下面液體配制中的C液,可用維持液代替)稀釋血清和制備病毒懸液,因為是用病毒來確定血清中抗體的滴度,所以要使用參考病毒(原型株),但有時使用所分離到的毒株(臨床分離株)有助于得到更準確的檢測結果,但分離株的滴度(100 CCID50/0.05ml)要事先測定。
中和實驗的檢測原理:病毒感染敏感靶細胞后,引起細胞形態(tài)學變化,出現(xiàn)CPE,特異性中和抗體與病毒結合后,可使病毒顆粒失去感染性,抑制CPE的出現(xiàn)。
1.液體配制
A液:血清處理液:(100ml中含下列試劑成份)
MEM 85ml
3% L-谷氨酰胺 1ml
7.5%碳酸氫鈉 2ml
胎牛血清 2ml
青、鏈霉素(各10000U/ml) 10ml
B液:細胞營養(yǎng)液:(按生長液配方配制,100ml中含下列試劑成份)
MEM 85ml
3% L-谷氨酰胺 1ml
7.5%碳酸氫鈉 2ml
HEPES 1ml
胎牛血清 10ml
青、鏈霉素(各10000U/ml) 1ml
C液:病毒(血清)稀釋液:(按維持液配方配制,100ml中含下列液體)
MEM 93ml
3% L-谷氨酰胺 1ml
7.5%碳酸氫鈉 2ml
HEPES 1ml
胎牛血清 2ml
青、鏈霉素(各10000U/ml) 1ml
2.攻擊病毒CCID50滴定和滴度梯度制備
(1)將增殖后的病毒懸液凍融3次,然后在4℃、12000rpm條件下離心10min,取上清液分裝于10支凍存管中,每管1.5ml,一般每管應在一次試驗中用完,有剩余應高壓后廢棄;
(2)加Eagle液10倍系列稀釋為10-1至10-8病毒液,各加入細胞板內,每孔50μl,每稀釋度4孔細胞;
(3)每孔加細胞懸液50μl,同時設細胞對照(50μl稀釋液+50μl細胞懸液), 36℃培養(yǎng)7d,觀察細胞病變;
(4)按Behrens-Kärber公式計算出分離病毒株的CCID50;
log CCID50 = L-d (S-0.5),其中:
L = 實驗中使用的最低稀釋度的對數(shù)值;
d = 稀釋梯度的對數(shù)值;
S = 終判時陽性部分的總和(即出現(xiàn)CPE的細胞孔所占的比例之和)。
(5)正式試驗前應先滴定攻擊病毒2-3次,取其平均值,求出每0.05ml中含100 CCID50的病毒載量;
(6)按照計算好的稀釋比例配制攻擊病毒,求出試驗所需的病毒總量(即100 CCID50/0.05ml);
(7)取3支小試管,每只加病毒稀釋液(液體配制中的C液)0.9ml;
(8)用帶濾芯的吸尖(ART吸尖)吸0.1ml已經稀釋好的攻擊病毒液(即100CCID50/0.05ml)到第一支小試管中,換另一支ART吸尖,輕輕并徹底地混勻,避免產生大量氣溶膠,按照此方法依次稀釋至1 CCID50/0.05ml和0.1 CCID50/0.05ml。
3.稀釋血清
(1)發(fā)病1-3d內采取患者急性期血清,發(fā)病后2-4周采取恢復期血清,分別凍存在-20℃備檢。
(2)取無菌小試管若干支(每份血清使用一支)置試管架上,每管加血清處理液(上面液體配制中的A液)0.3ml,加待測血清0.1ml,蓋緊塞子,震搖混勻,放4℃冰箱過夜,即為1:4稀釋血清。次日56℃、30min滅活。
(3)打開獨立無菌包裝48孔組織培養(yǎng)板,縱向使用,每孔加血清稀釋液(上面液體配制中的C液)0.3ml,每份血清使用一排,每排4孔。使用移液器吸取處理過的血清0.1ml加入第一孔(即為1:16),吹吸8-10次,吸0.1ml加入第二孔(即為1:64),依次至1:1024,血清稀釋的過程中不必更換吸尖。即每份血清標本進行4倍倍比稀釋,即1:4、1:16、1:64、1:256、1:1024。
(4)每份血清標本的每個稀釋度都要平行做兩孔。
4.病毒中和抗體測定的操作步驟:
(1)取一塊96孔板橫向使用,每塊板可以做8份(4對)待測血清,版面設計如下圖所示。A1-A2孔(B1-B2、C1-C2、D1-D2、E1-E2、F1-F2、G1-G2、H1-H2)中每孔加入1:1024稀釋度的待測血清0.05ml,不必更換吸尖,在A3-A4孔(B3-B4、C3-C4、D3-D4、E3-E4、F3-F4、G3-G4、H3-H4)中每孔加入1:256稀釋度的待測血清0.05ml,A5-A6孔(B5-B6、C5-C6、D5-D6、E5-E6、F5-F6、G5-G6、H5-H6)中每孔加入1:64稀釋度的待測血清0.05ml,A7-A8孔(B7-B8、C7-C8、D7-D8、E7-E8、F7-F8、G17-G8、H7-H8)中每孔加入1:16稀釋度的待測血清0.05ml,A9-A10孔(B9-B10、C9-C10、D9-D10、E9-E10、F9-F10、G9-G10、H9-H10)中每孔加入1:4稀釋度的待測血清0.05ml,A11-A12孔(B11-B12、C11-C12、D11-D12、E11-E12、F11-F12、G11-G12、H11-H12)為每份待測血清對照孔,每孔中補加稀釋液0.05ml;
(2)上述孔中分別加入病毒0.05ml(病毒滴度事先已經稀釋為100 CCID50/0.05ml);
(3)蓋好蓋子后用微量板混勻器混勻,放入36℃ CO2孵箱中孵育2h;
(4)另取一塊96孔板縱向使用,做100 CCID50/0.05ml病毒滴度的核實(每次實驗都必須做)。每孔先加病毒稀釋液(試劑配制中的C液)0.05ml,然后從0.1 CCID50/0.05ml加起,每孔0.05ml,每個稀釋度8孔,不必更換吸尖,一直加至100 CCID50/0.05ml;同時留出4孔做為細胞對照孔,每孔加入0.1ml病毒稀釋液,然后放入4℃冰箱中暫存;
(5)在孵育期間,用消化液消化細胞,準備細胞懸液,細胞懸液的濃度為2×105個/ml,每塊96孔板至少需要準備10ml;
(6)孵育結束后每個待測血清孔、血清對照孔(待檢標本板)和病毒回滴孔和細胞對照孔(病毒回滴板)分別加入0.1ml細胞懸液,然后用微量板混勻器混勻,放入36℃ CO2孵箱中孵育培養(yǎng);
(7)使用倒置顯微鏡每天觀察CPE,并記錄病毒滴定結果,以不產生細胞病變的血清最高稀釋度的倒數(shù)為終點效價。當100 CCID50/0.05ml的病毒對照孔出現(xiàn)完全病變時,判定最終結果(約5~7d);
(8)注意:如果病毒對照結果(病毒回滴)不在32~320 CCID50/0.05ml的范圍內,實驗無效,就要重復實驗。
5.結果判定
當最高稀釋度血清的2孔中有1孔出現(xiàn)細胞病變,另一孔不出現(xiàn)細胞病變,該稀釋度的倒數(shù)計即為該血清標本的中和抗體效價;當高稀釋度2孔完全病變,相鄰低稀釋度2孔完全不病變,則兩者平均稀釋度的倒數(shù)即為該血清標本的中和抗體效價;當兩個相鄰稀釋度血清均出現(xiàn)1孔細胞病變,另1孔不出現(xiàn)細胞病變,則兩者平均稀釋度的倒數(shù)即為該血清標本的中和抗體效價。
對于HFMD的雙份血清中和實驗結果來說,如果恢復期血清較急性期血清EV71或CVA16中和抗體滴度出現(xiàn)4倍或4倍以上增高即可確診;如果恢復期血清較急性期血清其它腸道病毒中和抗體滴度出現(xiàn)4倍或4倍以上增高可證實該腸道病毒感染,是否為病因需要其它相關實驗證實;如果單份血清中和抗體滴度大于1:256也有診斷意義,血清中和抗體滴度為1:128判定為可疑陽性。
(三)逆轉錄-聚合酶鏈反應(RT-PCR)。
1.RNA提取
可使用多種商業(yè)化試劑盒來提取RNA,針對臨床標本應選擇質量較高的“用于臨床標本病毒RNA提取的試劑盒”,也可使用全自動RNA提取儀進行提取。針對病毒分離物,核酸提取比較容易,大部分商業(yè)化RNA提取試劑盒都可有效的提取到RNA。RNA提取依據使用的試劑不同,嚴格按說明書進行操作。
2.逆轉錄-聚合酶鏈反應(RT-PCR)
(1)引物序列合成
國家脊灰實驗室自行設計3對引物,分別為人腸道病毒通用引物、EV71特異性引物和CVA16特異性引物。各省CDC依據引物序列在質量有保證的公司合成,引物合成后,需要做預實驗,保證引物合成沒有質量問題后,分發(fā)給地市級CDC。
1)人腸道病毒(包括EV71、CVA16)核酸檢測通用引物序列:
PE2(上游):5`- TCC GGC CCC TGA ATG CGG CTA ATC C -3`
PE1(下游):5`- ACA CGG ACA CCC AAA GTA GTC GGT CC -3`
2)EV71核酸檢測引物序列:
EV71-S(上游):5`- GCA GCC CAA AAG AAC TTC AC -3`
EV71-A(下游):5`- ATT TCA GCA GCT TGG AGT GC -3`
3)CVA16核酸檢測引物序列:
CVA16-S(上游):5`-ATT GGT GCT CCC ACT ACA GC-3`
CVA16-A(下游);5`-TCA GTG TTG GCA GCT GTA GG-3`
(2)實驗設計
1)在PCR記錄紙(實驗記錄紙)上記錄本次實驗操作者姓名,實驗日期,所鑒定標本的名稱以及標本的順序,與PCR儀排列的順序一致。
2)標記好加標本和對照的PCR管(陽性對照,陰性對照和試劑對照)。
A:陽性對照:參比RNA,省級CDC提供(只是在初次使用,常規(guī)不建議使用,以防污染)。
B:陰性對照:使用正常細胞RNA或臨床標本腸道病毒陰性的RNA(每次實驗要設立)。
C:試劑對照:用去離子水代替標本(試劑初次使用時必須做)。
(3)RT-PCR擴增反應和條件
1)從臨床標本或病毒中提取的RNA和各種RT-PCR試劑應該一直放在冰浴盒上;
2)配下列試劑主溶液:
10×PCR Buffer···································································5.0μl
dNTPs(2.5mM each)·······················································2.0μl
上游引物(0.1μg/μl)·························································1.0μl
下游引物(0.1μg/μl)·························································1.0μl
RNA酶抑制劑(RNasin,40U/μl)······································0.5μl
Taq DNA聚合酶(5U/μl)·················································0.5μl
AMV逆轉錄酶(10U/μl)··················································1.0μl
模板RNA··········································································3.0μl
RNase Free dH2O···························································36.0μl
50.0μl
3)在PCR儀上進行RT-PCR反應,反應步驟如下:
42℃························45min
95℃························3min
95℃························20s
45℃························25s ×32個循環(huán)
72℃························30s
72℃························10min
4℃························Soak
3.電泳分析
(1)將已經聚合的3%的瓊脂糖凝膠放在電泳裝置上;
(2)在帕拉膜(Parafilm)上加上6 × 電泳載樣緩沖液(每個反應需1μl)。再加上5μl的PCR反應產物與之混合;
(3)將電泳緩沖液倒在電泳裝置中,用吸尖將樣品與載樣緩沖液的混合溶液加到孔中;
(4)蓋上蓋子,接通電源,以10V/cm電壓(恒定電壓)電泳,大約35-40min,直到溴酚藍跑到凝膠的底部的時候,停止電泳;
(5)將膠取出,并注意保持凝膠的方向;
(6)在1μg/ml的溴化乙錠溶液中染色15min,
注意:溴化乙錠溶液是有毒、致畸、并且致腫瘤的物質,操作時要加小心,并戴雙層手套。如果儲存在避光的容器中,溴化乙錠溶液可以重復使用。溴化乙錠廢棄物按醫(yī)療廢棄物中化學品的有關規(guī)定處理。
(7)在蒸餾水中涮一下凝膠;
(8)在紫外透射儀下觀察PCR產物電泳結果,并照相作記錄。
有條件的實驗室可以使用全自動電泳分析儀。
4.結果解釋
使用全自動電泳分析儀的實驗室可以通過儀器自動讀取PCR產物大小,來判斷結果。通過瓊脂糖凝膠做PCR產物電泳的實驗室,需要參照DNA分子量對照對照,比較標本的PCR產物與陽性對照的PCR產物在凝膠上的位置以及大小來解釋結果。
RT-PCR實驗結果解釋表
待檢標本RT-PCR結果
|
鑒定結果
|
HEV(-), EV71(-), CVA16(-)
|
非腸道病毒(NEV)
|
HEV(+), EV71(-), CVA16(-)
|
非EV71、CVA16的其它腸道病毒
|
HEV(+), EV71(+), CVA16(-)
|
EV71
|
HEV(+), EV71(-), CVA16(+)
|
CVA16
|
(四) Real-time RT-PCR (rRT-PCR)
1. 病毒核酸提取
參考常規(guī)RT-PCR病毒核酸提取步驟和注意事項。
2. Real-time RT-PCR (rRT-PCR)
依據不同廠家的試劑盒,嚴格按相應說明書操作和判斷結果。有5種試劑盒,分別為One Step Real-time PCR法檢測EV71病毒核酸(單通道檢測);One Step Real-time PCR法檢測CVA16核酸(單通道檢測);One Step Real-time PCR法檢測腸道病毒核酸(單通道檢測);One Step Real-time PCR法同時檢測EV71和CVA16核酸(雙通道檢測);One Step Real-time PCR法同時檢測EV71和腸道病毒核酸(雙通道檢測)。下面舉2個例子來說明單通道檢測和雙通道檢測的操作規(guī)程和注意事項。
(1) One Step Real-time PCR法檢測EV71病毒核酸(單通道檢測)
①反應體系配置:反應體系共25μl,模板量可根據樣本情況自行決定(臨床標本通常使用5μl的RNA模板量),不夠部分以水補足。如選用另外試劑盒,反應體系及條件隨之變化。
a.從試劑盒中取出相應的試劑,反應液在室溫融化后,瞬時離心,按n+1配置反應體系(n=樣本數(shù)+1管陽性對照+1管陰性對照),每個測量反應體系配置如下表:
試劑組成
|
1份樣品的量
|
熒光RT-PCR反應液
|
12.5μl
|
逆轉錄酶
|
0.5μl
|
Taq酶
|
0.5μl
|
引物和探針
|
1.5μl
|
H2O
|
5μl
|
b.將上述反應液混勻離心后,按照每管20μL分裝于各熒光PCR儀適用的PCR管中。
c.加樣:將提取好的樣本RNA,分別加入上述分裝好的PCR反應管中,模板量可根據樣本情況自行決定(臨床標本通常使用5ul模板量),不夠部分以水補足??偡磻w積25μL。
②熒光RT-PCR循環(huán)條件設置
程序
|
循環(huán)數(shù)
|
溫度(攝氏度)
|
反應時間(分鐘:秒)
|
1
|
1
|
42℃
|
30min
|
2
|
1
|
95℃
|
2min
|
3
|
40
|
95℃
|
10sec
|
60℃
|
35sec
|
60℃時收集熒光信號
|
③對照設置
陰性對照:核酸提取時以滅菌雙蒸水代替標本,每次實驗應設立。
陽性對照:由省級實驗室提供EV71陽性核酸(只在評價試劑時使用)
④結果分析條件設定和結果判斷
閾值設定
原則以閾值線剛好超過正常陰性對照擴增曲線的最高點,結果顯示陰性為準,或可根據儀器噪音情況進行調整。
Ct值≤35.0的樣本為陽性。
38.0> Ct值>35.0的樣本為臨界值。
Ct值≥38.0的樣本或無數(shù)值的標本為陰性。
(2) One Step Real-time PCR法同時檢測EV71和CVA16核酸(雙通道檢測)
雙通道可以同時檢測EV71和CVA16核酸,在提取核酸后短時間(2.5小時)內檢測到標本中是否含EV71或CVA16核酸。
①反應體系配置
反應體系共25μl,模板量可根據樣本情況自行決定(臨床標本通常使用5μl模板量),不夠部分以水補足。如選用另外試劑盒,反應體系及條件隨之變化。
a.先將試劑解凍,從試劑盒中取出相應的試劑,反應液在室溫融化后,瞬時離心,按n+1配置25μl反應體系(n=樣本數(shù)+1管陽性對照+1管陰性對照),每個測量反應體系配置如下表:
b.將下述反應液混勻離心后,按照每管20μL分裝于適用的PCR管中。
試劑組成
|
1份樣品的量
|
熒光RT-PCR反應液
|
12.5μl
|
逆轉錄酶
|
0.5μl
|
Taq酶
|
0.5μl
|
引物和探針
|
3μl
|
H2O
|
3.5μl
|
c.加樣:將提取好的樣本RNA,分別加入上述分裝好的PCR反應管中,模板量可根據樣本情況自行決定(臨床標本通常使用5ul模板量),不夠部分以水補足。總反應體積25μL。
②熒光RT-PCR循環(huán)條件設置
程序
|
循環(huán)數(shù)
|
溫度(攝氏度)
|
反應時間
|
1
|
1
|
42℃
|
30 min
|
2
|
1
|
95℃
|
2 min
|
3
|
40
|
95℃
|
10 s
|
60℃
|
35 s
|
60℃時收集熒光信號
|
③結果分析條件設定和結果判斷
陰性對照:核酸提取時以滅菌雙蒸水代替標本。
陽性對照:提取好的陽性核酸作為模板RNA。
閾值設定原則以閾值線剛好超過正常陰性對照擴增曲線的最高點,結果顯示陰性為準,或可根據儀器噪音情況進行調整。
Ct值≤35.0的樣本為陽性。
Ct值無數(shù)值的標本和Ct值≥38.0的樣本為陰性樣本。
38.0> Ct值>35.0的樣本為臨界值。
注:熒光PCR同時讀取FAM和HEX,進行雙通道檢測,FAM熒光Ct值為CVA16的結果,HEX熒光 Ct值為EV71的結果。
|