國務院機構改革方案未明確地方機構改革的時間表，引起一些人大代表的關注，對此，山東省委書記李建國認為，這是給地方機構改革留有空間。
李建國表示，此次機構改革提出，中央要求地方機構“必須對口的就對口”，但是不搞“一刀切”，因為不是所有的機構都要上下對口。之所以不設時限，是要給地方機構改革留下一個空間，“地方可以從自己的實際出發，來設計當地的一些機構，并不要求地方的機構改革和國務院同步進行。”
李建國透露，此次提交大會審議的機構改革方案包括此前中共十七屆二中全會關于深化行政體制改革的意見，都是在十七大后開始進行的，“還是有較長時間的調查研究。”
審議中，亦有代表提出，此次改革大部制色彩不是很強烈，對此，李建國不這么認為，“大部制已經邁開了一個非常重要的步伐，交通運輸部就是一個大部制的做法。十七大提出了大部制的探索，這次國務院機構改革體現了十七大提出的探索實行大部制的精神。”李建國并表示，機構改革是個漸進的過程。
對于為什么未將鐵道部納入交通運輸部，李建國解釋，鐵道部本身的改革還沒有完成，沒有完全實現政企分開，所以方案要求鐵道部繼續推進它自身的政企分開改革，但現在改革的條件還不具備。（記者楊華云）
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