進入?20?世紀?90?年代，青藏高原研究被列入以下?3?大計劃：“八五”攀登計劃“青藏高原形成演化、環(huán)境變遷與生態(tài)系統(tǒng)研究”（1992—1996?年），“九五”攀登計劃“青藏高原形成演化及其環(huán)境資源效應”（1997—2000年），國家重點基礎研究計劃“青藏高原形成演化及其環(huán)境、資源效應”（1999—2003?年）。與?20?世紀?80?年代以前的研究工作相比，特別是針對過去區(qū)域、路線考察的薄弱環(huán)節(jié)，這些計劃面向國際研究的前沿領域，強調了從以定性研究為主轉向定量、定性相結合研究，從靜態(tài)研究轉向動態(tài)、過程和機制研究，從單一學科研究轉向綜合集成研究，從區(qū)域研究轉向與全球環(huán)境變化相聯(lián)系的研究。

2003?年，在時任中共中央政治局常委、國務院副總理李嵐清的親切關懷下，成立了中科院青藏高原所，以專門致力于我國青藏高原的科學研究事業(yè)。2014?年，中科院青藏高原地球科學卓越創(chuàng)新中心成立。作為青藏高原研究的國家隊，青藏高原所和青藏高原地球科學卓越創(chuàng)新中心堅持服務國民經(jīng)濟主戰(zhàn)場，高水平完成了《西藏高原環(huán)境變化科學評估》，習近平總書記在中央第六次西藏工作座談會上對該評估給予高度評價，并作為提出西藏生態(tài)文明建設指示的重要科學基礎。在中科院的支持下，啟動了“第三極環(huán)境（TPE）”國際計劃，推動我國青藏高原研究進入國際第一方陣。

習近平總書記高度重視青藏高原的生態(tài)環(huán)境保護與發(fā)展，他指出要“守護好世界上最后一方凈土”。為貫徹落實習總書記關于青藏高原生態(tài)環(huán)境保護與發(fā)展的重要指示精神，2017?年?3?月，中科院和西藏自治區(qū)簽訂新一輪院區(qū)戰(zhàn)略合作協(xié)議，確定由青藏高原所牽頭，協(xié)調全國力量，聯(lián)合國際伙伴，共同開展第二次青藏高原綜合科學考察研究。第二次青藏高原綜合科學考察研究將根據(jù)國家重大需求和國際科學前沿，揭示過去50年來環(huán)境變化的過程與機制及其對人類社會的影響，預測這一地區(qū)地球系統(tǒng)行為的不確定性，評估資源環(huán)境承載力、災害風險，提出亞洲水塔與生態(tài)屏障保護、第三極國家公園建設和綠色發(fā)展途徑的科學方案，為生態(tài)文明建設和“一帶一路”建設服務。

2017?年?8月19日，在第二次青藏高原綜合科學考察研究全面展開之際，習近平總書記高度關懷，發(fā)來賀信，作出了重要指示。習總書記以高屋建瓴的戰(zhàn)略胸懷和俯瞰全球的國際視野，深刻闡述了青藏高原環(huán)境變化和研究及其在全球生態(tài)環(huán)境中的重要性，要求通過這次科學考察研究揭示青藏高原環(huán)境變化機理、優(yōu)化生態(tài)安全屏障體系，殷切期望廣大科考人員發(fā)揚老一輩科學家艱苦奮斗、團結奮進、勇攀高峰的精神，為守護好世界上最后一方凈土、建設美麗的青藏高原作出新貢獻，這充分體現(xiàn)了以習近平同志為核心的黨中央的生態(tài)文明建設理念和綠色發(fā)展思想，為此次科考指明了前進方向，提供了基本遵循。中共中央政治局委員、國務院副總理劉延東在啟動儀式上宣讀了習近平總書記的賀信，并要求第二次青藏高原綜合科學考察研究要服務國家生態(tài)文明建設、加強統(tǒng)籌協(xié)調、加強協(xié)同創(chuàng)新、注重綜合交叉研究和堅持國際科技合作，努力取得重大科研突破，為青藏高原經(jīng)濟社會發(fā)展和生態(tài)環(huán)境保護作出新貢獻。