二是部分項目進展緩慢，有的未能達到預期效果。審計調查發現，有些地方簡單按人口數量或行政區域平均分配資金，有的地方性工作計劃與中央下達的年度計劃未能有效銜接，加之普遍存在的地方配套資金不到位問題，影響到一些項目的實施進度。抽查19個省市的448個新建廉租住房和10個棚戶區改造項目，截至2009年底，分別僅完成計劃投資額的41%和42%，其中225個項目的地方配套資金落實率平均為44%；抽查19個省區的103個縣，2006年至2008年計劃內還有123.3萬人的飲水不安全問題未解決，占計劃的15.79%；抽查18個省區的156個農業綜合開發產業化經營項目，有60個未能發揮預期效益，占38%。
三是部分項目管護措施落實不到位，后續管理尚需加強。隨著廉租住房大批建成并逐步投入使用，一些地區出現了租金收取難、日常管理維護難和不符合保障條件的住戶退出難等現象，不利于形成廉租住房入住和退出的良性循環機制。抽查的1181處農村飲用水安全工程均未落實所有權，工程運營和后續維護前景堪憂，有的已建成工程存在供水水質合格率偏低、運營成本偏高、管理維護不到位和工程利用率不高等問題。
審計還發現套取、滯留、轉移挪用或擠占財政資金等問題7.14億元，其中：涉及農業綜合開發資金3.57億元、農村飲用水安全工程項目資金3.06億元、城市最低生活保障資金0.51億元。
針對農村飲用水安全工程資金審計反映的問題，水利部下發了《關于加強農村水資源保護工作的通知》(辦資源函〔2009〕289號)等文件，并派出督導組前往19個省區市督促整改；針對城市最低生活保障資金審計發現的問題，有關地方進行了集中清理和核實，已歸還被擠占資金824.98萬元。
(二)汶川地震災后恢復重建跟蹤審計情況。按照國務院批準下發的《關于汶川地震災后恢復重建審計工作安排意見》，審計署先后組織8000余名審計人員對1.3萬個重建項目進行了跟蹤審計，審計覆蓋面分別占中央和地方投資額的60%和80%，并從審計署選派33名干部到重災地區掛職。從審計情況看，有關部門和地方積極調配資源，注重加強統籌協調，保證了重建資金的安全完整和建設項目的順利推進。但災后重建中也存在一些問題：
一是中央重建基金結存于多個部門和單位，部分資金使用不夠規范。重建項目多、資金來源廣，由于缺乏統籌管理，資金撥付進度與重建進展銜接不夠，一些項目建設進度較慢，造成部分資金結存。截至2009年底，8家中央單位結存中央重建基金51.79億元，災區各級財政部門和使用單位結存298.63億元。此外，還有58.19億元重建資金被違規用于規劃外項目、日常經費支出和歸還欠款等；一些地方通過重復申報、重復統計人數等方式多申領重建資金2.41億元，部分已用于項目建設或發放給個人。
二是部分項目的規劃內容與實際情況不盡相符，有的規劃要求未完全落實。3個受災省2009年下半年對重建規劃進行中期調整后，仍有274個項目的規劃內容與實際情況不符，占抽查數的24%。在規劃落實方面，有82所學校的3967畝新增建設用地未辦理審批手續；有28個項目超規模、超標準建設22.51萬平方米，平均超出37.8%；有138個項目存在731項工程管理缺陷，158個項目的監理和施工技術管理人員未按合同要求到位。
在跟蹤審計中，審計機關與各地各部門緊密配合，堅持邊審計、邊督促整改、邊促進規范提高，推動改進了2649個項目的質量管理，加快了1692個項目的建設進度，節約重建資金和挽回損失14.71億元，建立健全規章制度974項。審計機關還向社會發布了48期災后恢復重建階段性審計結果公告。
(三)玉樹地震抗震救災資金物資跟蹤審計情況。青海玉樹地震發生后，審計署緊急部署救災資金物資跟蹤審計工作。對18個中央部門單位、31個省區市及新疆生產建設兵團的審計情況表明，各地各部門按照黨中央、國務院的部署，及時啟動災害應急預案，積極籌集調撥救災款物，并對接受救災捐贈的單位、捐贈資金的統計、匯繳和使用提出了明確要求，保證了抗震救災各項工作的迅速和有效推進。
總的看，救災資金的撥付、使用和物資發放情況較好，審計尚未發現重大違紀違規問題。目前，審計署已制定玉樹地震災后恢復重建跟蹤審計方案，將救災資金物資審計與災后恢復重建審計結合起來，實行全過程跟蹤，并適時向社會公告審計情況。
六、資源環境審計情況
近年來，各地各部門認真貫徹中央關于節能減排和環境保護的政策要求，普遍實行了節能減排工作目標責任制，加強了土地規劃、審批和執法監察等制度建設，資源節約和環境保護工作取得較好效果。但對18個省區的節能減排資金和11個省區的土地專項資金的審計發現，政策執行中還存在一些問題：
一是部分地方違法違規用地問題仍較突出。重點檢查的13個城市有10.19萬畝土地存在未批先用、違規出讓和擅自改變用途等問題，其中7個市的用地單位未批先用土地3.18萬畝，包括0.72萬畝耕地和0.27萬畝基本農田。
二是部分地區節能減排項目建設進展較慢。抽查的18個省區中，有兩個省2007年至2009年實施的十大節能工程項目，僅完成計劃的69%；至2009年底，6個省的既有居住建筑供熱計量及節能改造項目、15個省區的污水處理廠項目和垃圾處理場項目僅完成“十一五”規劃要求的28%、62%和41%。
三是專項資金管理和使用不夠嚴格和規范。此次審計發現，11個省區應征未征土地出讓金等收入381.81億元，未將683.99億元土地專項資金納入預算管理；16個省區滯留、閑置節能減排資金9.67億元；還有20個省區擠占、挪用和套取土地專項資金77.85億元、節能減排專項資金2.82億元，主要用于公共工程建設和彌補公用經費等。
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